在project的.setting folder下面，有个名为org.eclipse.wst.common.project.facet.core.xml的文件，里面配置有各种版本信息。此时，按照本机配置修改这个文件，问题就解决了。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<faceted-project>

<runtime name="Apache Tomcat v5.5"/>

<fixed facet="jst.web"/>

<fixed facet="jst.java"/>

<installed facet="jst.java" version="5.0"/>

<installed facet="jst.web" version="2.4"/>

<installed facet="wst.jsdt.web" version="1.0"/>

</faceted-project>